Câu chuyện trong phim Trường Học Pháp Thuật được bắt đầu vào buổi bình minh của thế kỷ 21, vào thời điểm này thì phép thuật được cho là văn hóa dân gian và truyện cổ tích, đã trở thành một công nghệ được hệ thống hóa và được dạy như một kỹ năng kỹ thuật. Khi đó ở trường Trung học Đệ nhất, học viện dành cho các pháp sư, học sinh được chia thành hai nhóm dựa trên điểm thi đầu vào của họ: “Blooms”, những người nhận được điểm cao, được chỉ định vào Khóa đầu tiên, trong khi “Weeds” là học sinh dự bị được chỉ định vào Khóa học thứ hai.
Diễn biến trong phim Trường Học Pháp Thuật theo sau anh chị em, đó chính là Tatsuya và Miyuki Shiba, họ cũng chính là những người đăng ký vào trường Trung học Đệ nhất cấp. Khi tham gia kỳ thi, Miyuki phi thường được xếp vào Khóa học đầu tiên, trong khi Tatsuya bị xuống hạng ở Khóa học thứ hai. Mặc dù điểm kiểm tra thực tế và trạng thái là “Cỏ dại” cho thấy anh ta không có phép thuật, nhưng anh ta sở hữu kiến thức kỹ thuật phi thường, khả năng chiến đấu vật lý và kỹ thuật ma thuật độc đáo khiến Tatsuya trở thành kẻ bất thường tại một trường trung học phép thuật. Cũng chính từ đó mà câu chuyện kể về sự bất thường tại ngôi trường phép thuật này bắt đầu, một huyền thoại cũng từ đó mà được sinh ra.