Cốt truyện trong bộ anime Cuộc Chiến Ma Thuật là câu chuyện xoay quanh về nam nhân vật chính có tên là Takeshi Nanase, đó là một học sinh trung học bình thường có quá khứ đen tối và rắc rối vì vậy mà cuộc sống của anh ta rất phức tạp. Vào một ngày nọ khi đang trên đường tập luyện kiếm đạo, anh tình cờ gặp một cô gái tên là Mui Aiba trong bộ đồng phục học sinh mà anh chưa từng thấy trước đây. Sau khi được Takeshi chăm sóc sức khỏe trở lại, thay vì cảm ơn anh, cô lại vô tình biến anh thành một pháp sư, cũng kể từ khi sự xuất hiện của cô gái kì lạ này đã làm thay đổi cuộc đời của Takeshi.
Cho đến một nọ Takeshi biết rằng thế giới hiện tại thực sự bị chia làm hai, thế giới mà anh ấy đang sống và thế giới của các pháp sư. Anh cũng biết rằng Mui là một pháp sư đăng ký vào Học viện Phép thuật Subaru, nơi nhiều pháp sư có thể học cách kiểm soát sức mạnh của họ và sống trong hòa bình với những người bình thường. Thay vì trở lại thế giới thực, Takeshi và những người bạn pháp sư mới của mình Kurumi Isoshima và Kazumi Ida cũng quyết định đăng ký vào học viện. Ba người bạn này chiến đấu vì những lý do khác nhau, hoặc để thoát khỏi quá khứ đầy sóng gió của họ hoặc để bắt kịp tương lai. Họ sở hữu những khả năng khác nhau mà họ phải học cách khai thác để chống lại Ghost Trailers, một nhóm pháp sư đang sử dụng bạo lực để khẳng định ưu thế của họ so với con người. Takeshi và những người bạn của mình phải cố gắng trở nên mạnh mẽ hơn và phải đối mặt với thủ lĩnh của Ghost Trailers để ngăn chặn Đại Chiến Ma Thuật lần thứ hai diễn ra. Diễn biến trong bộ anime Cuộc Chiến Ma Thuật, Magical Warfare sẽ xảy ra như thế nào đây? Cùng đón xem 12 tập phim trong bộ anime này để theo dõi nhé các bạn.