Câu chuyện trong Bubble lấy bối cảnh vào tương lai gần, thế giới bị vượt qua bởi những bong bóng phá vỡ quy luật của thực tế. Một vụ nổ ở tháp Tokyo tập trung tất cả các bong bóng ở Tokyo, nhưng khiến thành phố không thể ở được. Nhiều người trẻ tuổi bất chấp các hạn chế, và sống ở đó, sử dụng các giải đấu parkour như một phương tiện để trao đổi và mua bán vật tư. Trong một đội parkour – Blue Blazes, một chàng trai trẻ – Hibiki, một tài năng parkour, nhưng anh tránh những người khác do thính giác siêu nhạy. Một ngày nọ, Hibiki cố gắng leo lên tháp vì anh nghe thấy bài hát của một người con gái và tin rằng anh nhìn thấy một cô bé ở đó.
Anh gần như vượt qua được, nhưng cuối cùng lại rơi xuống đại dương. Cô ấy rõ ràng là mới làm người, nhưng học hỏi rất nhanh từ những người khác. Hibiki đặt tên cô ấy là “Uta” vì cô ấy biết bài hát mà anh ấy nghe thấy trong đầu. Uta và Hibiki luyện tập parkour cùng nhau, đánh bại một đội tên là Morticians. Tuy nhiên, trong một lần cuối cùng, khi Uta chạm vào Hibiki, cánh tay của cô biến mất thành bong bóng. Từ đây, bong bóng bắt đầu hoạt động trở lại, người dân Tokyo cần phải chạy trốn. Uta đến tháp Tokyo để ngăn chặn nó, Hibiki đi cứu cô ấy. Trong cảnh cuối cùng, họ cứu nhau, nhưng Uta biến thành bong bóng như trong câu chuyện cổ tích gốc của Hans Christian Andersen. Khi bong bóng biến mất, người dân Tokyo trở lại và bắt đầu xây dựng lại cuộc sống. Các đội parkour cũng tiếp tục cuộc sống của họ.